Фамилия Комендюк — редкий случай, когда основа ясна, а суффикс выдаёт региональную принадлежность почти безошибочно. Суффикс -юк — характерный маркер западноукраинских и белорусских фамилий, особенно распространённый на Волыни, Подолье и в Галиции. Он выполняет ту же роль, что и -ов/-ев в великорусских фамилиях: указывает на принадлежность к старшему мужчине, чаще всего отцу. То есть Комендюк — это «сын Коменды» или «человек из рода Коменды».

Сложность в том, что прозвище Коменда само по себе неоднозначно. Самая прямая версия — профессиональная. В польском и украинском языках «коменда» (komenda) — это команда, приказ, а также военное подразделение. Прозвище Коменда могли дать человеку, связанному с военной организацией: бывшему командиру, унтер-офицеру, писарю при штабе или просто строгому, требовательному человеку, который любил «командовать». Учитывая, что фамилия бытует на территориях, входивших в Речь Посполитую, а позже — в Австро-Венгерскую империю, военная версия выглядит убедительно: там польское komenda было обиходным словом для обозначения военной команды или гарнизона.

Менее вероятный, но возможный вариант — от немецкого Kommende, что в средневековье означало командорство (владение рыцарского ордена). В этом случае Комендой могли прозвать управляющего таким имением, но для крестьянской среды это слишком книжно. Вероятнее, что основа — всё же живое прозвище, а не титул.

Интересно, что фамилия Комендюк почти не встречается в центральной России и на востоке Украины. Её география — западные области Украины (Хмельницкая, Тернопольская, Ровенская) и юг Беларуси. Если ваш предок носил эту фамилию, с высокой вероятностью он был крестьянином или казаком из этих мест, а прозвище получил либо за характер, либо за военную службу в польских или австрийских частях.