Фамилия Комерженко — одна из тех, где за привычным украинским суффиксальным обликом скрывается неочевидная, но вполне конкретная профессиональная основа. Разберём её по частям.

В центре фамилии лежит корень, восходящий к слову «комерж» или «комержа». В южнорусских и украинских говорах так называли человека, занимающегося перекупкой и перепродажей — по сути, мелкого торговца-спекулянта. Слово это, в свою очередь, заимствовано из польского или через польское посредничество из немецкого (ср. нем. Kommerz — «торговля»). Таким образом, первый носитель прозвища Комержа был, скорее всего, не просто купцом, а именно перекупщиком, возможно, с оттенком неодобрения со стороны окружающих.

Суффикс -енко — классический украинский патронимический формант. Как и в фамилии Иваненко, где он означал «сын Ивана», здесь он выполняет ту же роль: Комерженко — это «сын Комержи» или «потомок Комержи». То есть фамилия закрепилась за детьми или внуками человека, которого в округе знали по прозвищу, связанному с его занятием.

Модель образования проста и широко распространена: прозвище на -а (Комержа) + патронимический суффикс -енко. Такие фамилии массово формировались на территории Левобережной Украины, особенно в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях, в XVI–XVIII веках. Комерженко — типичный представитель этой группы, и его география, скорее всего, привязана к тем же землям.

В отличие от многих фамилий с прозрачным ремесленным значением (Кузнецов, Плотников), Комерженко несёт более узкий социальный оттенок: предок был не производителем, а посредником. В условиях традиционного общества, где преобладало натуральное хозяйство, фигура перекупщика часто воспринималась настороженно, что и могло закрепиться в прозвище, ставшем фамилией.