Фамилия Комешко звучит на украинский лад и почти наверняка имеет украинское происхождение. Характерный суффикс -к-о (в родительном падеже будет Комешка) — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он указывает на то, что фамилия образовалась от прозвища или имени, к которому прибавили уменьшительный или обиходный суффикс. В основе лежит корень «комеш-», и здесь возможны два основных толкования.

Первая версия связывает фамилию с диалектным словом «комешок». В некоторых говорах так называли кусок, комок чего-либо, например, комок земли или теста. Прозвище Комешок могли дать человеку плотного, коренастого телосложения или, наоборот, невысокому и круглому. Со временем прозвище превратилось в фамилию, а суффикс -к-о закрепил принадлежность к роду: Комешко — «сын или потомок Комешка».

Вторая, более редкая версия отталкивается от тюркского слова «комеш» или «комеч», что означает «войлок» или «кошма». В южнорусских и украинских степях такое прозвище мог получить мастер по валянию войлока или торговец им. Однако эта гипотеза менее вероятна: фамилия Комешко встречается преимущественно на западе и в центре Украины, где тюркское влияние было слабее, чем на юге. Скорее всего, перед нами чисто славянское прозвище, образованное от бытового названия комка, куска.

Интересно, что у фамилии есть вариант с другим ударением — Комешко́, но он встречается реже. В современной Украине фамилия распространена в Черкасской, Полтавской и Киевской областях, а в России её носители — в основном потомки переселенцев с Украины. Сословной принадлежности у Комешко, скорее всего, не было: прозвище могло закрепиться и за крестьянином, и за казаком, и за мещанином.