Фамилия Комилджонов — явный образец восточной, точнее, таджикской или узбекской модели образования фамилий, которая в XX веке органично вписалась в русскую паспортную систему. Её основа — личное имя Комилджон, которое состоит из двух частей. Первая, «Комил», восходит к арабскому корню, означающему «совершенный», «целостный», «зрелый». Вторая часть, «джон» (вариант «джан»), в персидском и таджикском языках означает «душа» или «жизнь», а в именах выступает как ласкательный или уважительный компонент, что-то вроде «дорогой», «любимый». Таким образом, имя Комилджон можно перевести как «совершенная душа» или «дорогой как совершенство».

Русский суффикс -ов, добавленный к этому имени, — стандартный способ адаптации нерусских фамилий в Российской империи и СССР. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Комилджонов, то есть потомок человека по имени Комилджон. Фамилия не несёт сословной окраски — в советское время такие фамилии массово фиксировали у крестьян, рабочих и служащих, независимо от происхождения.

Географически фамилия Комилджонов почти наверняка уходит корнями в Таджикистан или Узбекистан, где имена с компонентом «джон» особенно распространены. В отличие от русских фамилий, которые нередко образовывали от прозвищ или профессий, здесь мы видим прямой переход личного имени в родовое имя — типичный сценарий для народов Средней Азии. Встречается и вариант написания с одной «н» — Комилджонов, но в русской грамматике двойная «н» необязательна, и обе формы равноправны.

Если искать аналоги в русской среде, то по модели образования фамилия Комилджонов похожа на Иванов или Петров, где к имени тоже добавляли суффикс принадлежности. Разница лишь в том, что имя Комилджон — составное, восточное, и в русском языке оно выглядит необычно, но механизм тот же: человек, носивший такое имя, стал родоначальником целой ветви.