Фамилия Комилжонов — редкий случай, когда мы с высокой вероятностью можем назвать не только корень, но и исходное имя, причём совершенно не русское. Это фамилия, которая пришла в русский документооборот из Средней Азии, скорее всего из Таджикистана или Узбекистана, и образована по русской патронимической модели.

В основе лежит мужское имя Комилжон. Оно составное, типичное для персо-таджикской ономастики. Первая часть — «Комил» (араб. كامل — «совершенный», «полный», «безупречный»). Вторая часть — «жон» (перс. جان — «душа», «жизнь», в именах часто выступает как ласкательно-уважительный компонент, что-то вроде «дорогой»). Таким образом, имя Комилжон можно перевести как «совершенная душа» или «дорогой, как совершенство».

Русский суффикс -ов присоединился к основе Комилжон, образовав стандартную форму «сын Комилжона» или «из рода Комилжона». Это типичная для XIX–XX веков русификация фамилий народов Средней Азии, когда при записи в метрических книгах или советских паспортах к местному имени добавляли русский фамильный суффикс.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, где суффикс стоит после твёрдого согласного (Иван — Иванов), здесь мы видим основу на мягкий «н» (Комилжон). В русской орфографии это даёт окончание -ов, а не -ев, потому что ударение в исходном имени падает на последний слог — Комилжо́н. Правило такое: если основа оканчивается на мягкий согласный, но ударение падает на него, пишется -ов (как в фамилиях Козлов, Плотников). Если бы ударение было на «о» в середине, написали бы Комилжонев, но этого не произошло.

Сословной принадлежности у этой фамилии в классическом русском понимании нет. Предки носителя фамилии Комилжонов — не дворяне и не крестьяне центральной России. Это люди, чьё родовое имя зафиксировали при переходе на оседлость или при получении паспорта в советское время. По сути, это фамилия-отчество, которая прямо указывает на имя деда или отца — Комилжон. Она не имеет аналогов в русском крестьянском или дворянском ономастиконе, что делает её ярким маркером миграционных и культурных связей между Средней Азией и русскоязычным миром.