Фамилия Комилова — женская форма фамилии Комилов. В русской традиции такие фамилии образуются по модели «отцовская фамилия + -а»: Комилов → Комилова. Поэтому, чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант.

Основа фамилии — личное имя Ком(и)л. В тюркских языках, особенно в узбекском, таджикском и каракалпакском, имя Комил (варианты — Камил, Кямиль) восходит к арабскому كامل (ка̄миль) — «совершенный», «полный», «цельный». Это распространённое мусульманское имя, одно из эпитетов Аллаха в исламе, но как личное имя оно встречается у многих народов.

Фамилия образована по типичной для тюркских языков модели: имя + русский фамильный суффикс -ов. В XIX–XX веках, при массовой паспортизации населения Средней Азии и Кавказа, к местным именам часто приписывали русские окончания, чтобы вписать их в имперскую бюрократическую систему. Так Комил стал Комиловым, а его дочь или жена — Комиловой.

География фамилии в основном связана с Узбекистаном, Таджикистаном, Кыргызстаном, а также с регионами России, куда мигрировали выходцы из этих республик. Встречается она и у татар, башкир, казахов — везде, где было распространено имя Комил.

Есть и менее очевидная версия, которую стоит упомянуть из-за её необычности. В некоторых говорах русского севера и Сибири «комила» — диалектное слово, означающее «кривляка», «ломака» (от глагола «комить» — ломать, гнуть). Однако эта версия маловероятна: фамилия Комилов/Комилова почти не встречается в исконно русских регионах, а её массовое бытование в Средней Азии надёжно привязывает её к арабскому имени.

Таким образом, предки носительницы фамилии Комилова, скорее всего, носили имя Комил. Это мог быть человек, которого назвали «совершенным», либо в честь религиозного идеала, либо просто как красивое, благопожелательное имя. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие — она чисто патронимическая, то есть «сын (или дочь) Комила».