Фамилия Комиссернко — один из тех случаев, когда написание оторвалось от произношения, а корень оказался затемнён. В основе лежит слово «комиссар» (от латинского commissarius — «уполномоченный», «доверенное лицо»), но в фамилии оно претерпело двойное искажение. Во-первых, вместо ожидаемого «комиссаров» или «комиссаренко» мы видим двойную «с» и суффикс «-енко», типичный для украинской и южнорусской антропонимии. Во-вторых, появилась вставная «р» — «комиссер», что в XIX — начале XX века было распространённой просторечной формой слова «комиссар». Так в документах и переписи фиксировали прозвище или профессию человека, который служил комиссаром, либо давали ироничное прозвище тому, кто любил командовать или брать на себя излишнюю власть.

Словообразовательная модель проста: основа «комиссер» + патронимический суффикс «-енко», который в украинской традиции означает «сын» или «потомок» (как Иващенко — сын Ивана, Комиссеренко — сын комиссара). Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Комиссе́рнко, хотя в бытовой речи можно услышать и варианты. Фамилия эта редкая и, по всей видимости, возникла в среде казачества или крестьянства, где прозвища по должностям и профессиям давали не только прямому носителю, но и его детям. В официальных ревизских сказках и метрических книгах XIX века такие фамилии встречаются в основном на территории современной Украины и юга России, особенно в бывших землях Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний.

Интересно, что написание «Комиссернко» (с двумя «с» и без гласной после «р» в суффиксе) — это, возможно, результат описки или адаптации при переходе из устной формы в письменную. В некоторых вариантах фамилия записывалась как «Комиссаренко» или «Комисаров», но именно форма с «ер» и «нко» закрепилась как самостоятельная. Ономастический словарь Б. Унбегауна упоминает подобные случаи, когда профессиональное прозвище, пройдя через народную этимологию, приобретало нестандартный облик. Так что носитель фамилии Комиссернко может с уверенностью считать, что его предок был либо человеком с властными полномочиями (настоящим комиссаром), либо получил прозвище за характер — и в любом случае оставил след в истории языка.