Фамилия Комогаева звучит непривычно для русского уха — и это ключ к её разгадке. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, записанная русскими буквами. Основа «Комогай» или «Комога» восходит к тюркскому личному имени или прозвищу. В тюркских языках «комо» может означать «песок» или относиться к названию местности, а компонент «гай» (от «кай») нередко переводится как «скала», «утёс» или «берег». Таким образом, прозвище Комогай могло характеризовать человека, жившего у песчаного обрыва или на каменистом берегу.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае «Комогай» дало «Комогаев», а для женщины — «Комогаева». Такая модель типична для фамилий, которые возникли в среде крещёных тюркских народов (татар, башкир, чувашей, ногайцев) или в русско-тюркском пограничье: Поволжье, Урал, Оренбуржье. Фамилия сравнительно редкая, что указывает на локальное бытование — вероятно, в одном или нескольких соседних селениях.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с коми-пермяцким или марийским языком, где похожие звукосочетания встречаются в географических названиях. Однако тюркский след представляется более убедительным из-за типичной тюркской корневой структуры. Анализ по словарю Б. Унбегауна «Русские фамилии» подтверждает, что суффикс -ев при тюркских основах — распространённый путь русификации инородных имён.

Искать предков Комогаевых стоит в Башкортостане, Татарстане или Оренбургской области. Скорее всего, родоначальник был крещёным тюрком, получившим фамилию по прозвищу, которое со временем забылось, оставив только этот звуковой след.