Фамилия Комогаев нечастая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, стоит посмотреть не на очевидный корень, а на редкую словообразовательную модель.

Основа фамилии — прозвище Комогай. Первая часть, «комо-», скорее всего, восходит к диалектному «ком» — комок, кусок, а также к слову «комовой» (сбитый, плотный). В русских говорах «комом» называли нечто слежавшееся, а «комать» — мять, сбивать в ком. Вторая часть, «-гай», — это типичный для южнорусских и украинских фамилий суффикс-окончание, который мог превращать глагол в имя деятеля (сравните: Шибан — Шибай, Дергач — Дергай). Таким образом, Комогай — это человек, который «комогает», то есть сбивает, утрамбовывает, делает комья. Это могло быть прозвище работящего, плотного по сложению человека или того, кто занимался формовкой чего-либо (например, сыра, глины, сена).

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «ком» означает «песок», а «гай» — «река» или «берег». Однако для фамилии, оканчивающейся на типично русский патронимический суффикс -ев (указывающий на принадлежность: «чей?» — Комогаев), тюркская основа маловероятна, если только речь не идёт о давно обрусевшем роде. Суффикс -ев, а не -ов, ставится после мягких согласных и шипящих, что подтверждает, что в основе лежит именно прозвище Комогай, а не Комогой.

Географически фамилия привязана к югу России и Поволжью. Встречается она в Воронежской, Волгоградской, Ростовской областях, а также в казачьих станицах. Это косвенно подтверждает первую версию: в хозяйственном быту южнорусских крестьян и казаков «комать» и «комогать» было обычным делом при заготовке кормов или работе с глиной.

Родственные фамилии — Комов, Комков, Комягин, Комогоров. Все они образованы от того же корня «ком-», но с разными суффиксами. Комогаев среди них выделяется редкой и архаичной моделью, сохранившей живой глагольный оттенок прозвища.