Фамилия Комагаев — редкий случай, когда основа настолько тёмная, что приходится собирать её по крупицам, отбрасывая очевидные, но ложные пути. Первое, что приходит в голову — связь с комаром или комариным писком. Но если бы фамилия происходила от слова «комар», мы бы увидели Комаров или Комарёв. Суффикс -аев указывает на тюркское происхождение: в русских фамилиях он появляется при адаптации татарских, башкирских или казахских имён и прозвищ. Чаще всего -аев — это русифицированная форма тюркского патронимического суффикса, обозначающего «сын такого-то».

Сам корень «Комага» — почти наверняка искажённое при переходе в русскую письменность личное имя или прозвище. В тюркских языках есть слово «комагай» (или близкие к нему варианты), которое может означать «неуклюжий», «мешковатый», «неповоротливый». В диалектах сибирских татар и некоторых группах башкир встречается «комаҡай» — уменьшительно-ласкательная форма от «комак» (комок, небольшой кусок). То есть Комагаев — это «сын Комагая», а Комагай — человек, которого прозвали за медлительность, неповоротливость или за невысокий, коренастый рост.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — зоне активного смешения русского и тюркского населения. В дореволюционных метрических книгах Комагаевы встречаются среди крестьян и мещан Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний. Встречается и другой вариант написания — Камагаев, где гласная могла меняться под влиянием местного произношения.

Есть и менее вероятная, но интересная версия: связь с коми-пермяцким словом «кома» (шкура, кожа). Если фамилия возникла в северных районах, где контактировали русские и финно-угры, то Комагаев могло означать «сын Комаги» — человека, занимавшегося выделкой кож или торговлей мехами. Но эта гипотеза слабее: тюркский след с суффиксом -аев выглядит убедительнее, а финно-угорские фамилии обычно оформляются через -ов или -ин.

Так что в большинстве случаев Комагаев — это русифицированная тюркская фамилия, образованная от прозвища, характеризующего внешность или характер предка. Точное значение корня со временем стёрлось, но сама модель — «сын человека по прозвищу Комагай» — сохранилась в звучании.