Фамилия Комогайкин — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её основа не связана с популярными в ономастике именами или профессиями, а уходит в диалектную лексику Поволжья. Это типичный пример фамилии, образованной от прозвища, которое со временем потеряло свою бытовую прозрачность.

Разбор модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Комогайкин — сын или потомок человека по прозвищу Комогайка. Само прозвище, скорее всего, происходит от глагола «комогать» или существительного «комога». В рязанских, тамбовских и нижегородских говорах «комога» — это неуклюжий, неповоротливый человек, увалень. Встречается и значение «комкать, мять», что могло относиться к небрежному в работе человеку. Таким образом, прозвище давали по внешности или манере поведения — медлительному, тяжелому на подъём крестьянину.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В языках народов Поволжья (татарском, чувашском, башкирском) есть слова «ком» (песок, холм) и «гай» (берег, река). Теоретически прозвище Комогай могло означать «живущий у песчаного берега». Но против этой версии говорит типично русский суффикс -ин и отсутствие прямой фиксации подобных тюркских прозвищ в антропонимии. Версия с диалектным «комогой» выглядит убедительнее.

Географически фамилия привязана к центральным и южным областям России: Рязанская, Тамбовская, Пензенская губернии. Именно там фиксируются фамилии с основой «комог-» (Комогаев, Комогин, Комогайцев). Комогайкин — более редкий вариант, с уменьшительным или уничижительным суффиксом -к-, который в прозвищах часто имел оттенок снисходительности или насмешки. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, получившими уличное прозвище за свою медлительность или неловкость. Фамилия сохранила в себе живой отпечаток деревенского быта и народной наблюдательности.