Фамилия Комшукова — женская форма от Комшуков, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Перед нами типичная «патронимическая» фамилия на -ов, то есть образованная от личного имени или прозвища предка. Основа здесь — Комшук. Это слово, скорее всего, восходит к диалектному «комш» или «комша». В говорах русского севера и Сибири комшой называли неопрятного, неряшливого человека, а также того, кто ходит всклокоченным, лохматым. Прозвище давалось по внешнему виду — человек с торчащими волосами, похожий на мохнатый комок.

Менее вероятная, но возможная версия связывает Комшук с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках есть слово «комеш» — серебро, а «комешче» — серебряных дел мастер. Если предположить, что исходная форма была Комешуков, а затем произошло упрощение, то фамилия могла указывать на ювелира или торговца серебром. Однако эта гипотеза требует дополнительных доказательств, так как звуковой переход «е» в «о» под ударением нехарактерен для тюркских заимствований в русском языке, и фамилия Комшуков встречается в регионах, где тюркское влияние не было доминирующим.

Географически фамилия Комшуковы наиболее плотно представлена на Русском Севере — в Вологодской, Архангельской областях и в Республике Коми. Это подтверждает северорусское происхождение прозвища. Суффикс -ук в основе Комшук типичен для западнорусских и украинских говоров, но в данном случае он мог закрепиться как уменьшительная форма, придающая прозвищу оттенок «сын Комши». Таким образом, предок человека с фамилией Комшуков был, вероятно, крестьянином или посадским человеком из северных русских земель, получившим своё прозвище за небрежный вид или, что реже, за профессию, связанную с обработкой серебра.