Фамилия Комшин — из числа тех, что ставят перед исследователем выбор между двумя совершенно разными корнями. Первый и наиболее вероятный — славянский, от глагола «комшить» (мять, бить, пожирать). В северных говорах комшой называли буяна и забияку. Такое прозвище могло прилипнуть либо к драчуну с крутым нравом, либо к кожевнику — ремесленнику, который мял и разминал кожи в процессе выделки. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского сохранились родственные прозвища: Комшак (крестьянин, 1540 год, Новгород) и Комшило Иванов (крестьянин, 1606 год, Белев). Эти записи подтверждают, что основа «комш-» бытовала в русской антропонимии задолго до XVII века.

Вторая версия ведет к тюркскому «комшу» — «сосед». По этой гипотезе фамилия могла появиться в России в начале XVIII века, когда началось массовое переселение молдаван, бежавших от турецкого ига. Однако эта версия уступает первой в убедительности: во-первых, прозвища на «комш-» фиксируются в русских документах на полтора столетия раньше; во-вторых, суффикс -ин в фамилии Комшин типичен для образования от русских прозвищ на -а/-я, а не для тюркских заимствований. Скорее всего, перед нами именно севернорусская фамилия, указывающая на предка с крутым нравом или занятого ремеслом, связанным с мятьём.