Фамилия Комшилова — женская форма фамилии Комшилов, а та образована от прозвища или нецерковного имени Комшил. В основе лежит глагол «комшить» или диалектное существительное «комша». В разных говорах у этого слова несколько значений, и каждое могло дать начало фамилии.

В северных и сибирских говорах «комша» — это закваска для теста, гуща, иногда — дрожжи или закваска для кваса. Прозвище Комшил могли дать пекарю, квасовару или человеку, который держал в доме «комшу» и славился умением ставить хлеб или квас. В других областях «комшить» означало «мять, комкать, сбивать в ком». Здесь прозвище могло закрепиться за человеком с грузной фигурой или небрежной походкой, за тем, кто «комшит» — ходит вперевалку, тяжело ступает.

Модель образования типична для русского севера и востока: суффикс -ил- (как в фамилиях Коптилов, Торопил, Суетилов) указывает на деятеля — «тот, кто делает то-то». Комшил — буквально «тот, кто комшит». Окончание -ов/-ова закрепило фамилию в формате притяжательного прилагательного: «сын Комшила».

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её связывают с тюркским «комш» (сосед), но это маловероятно: суффикс -ил- нехарактерен для тюркских заимствований, а география фамилии (Вологда, Архангельск, Пермь) указывает на исконно русскую основу.

В дореволюционных переписях Комшиловы встречаются среди крестьян и мещан северных губерний. Фамилия редкая, но не исчезнувшая: её носители живут в Вологодской и Кировской областях, в Пермском крае.