Фамилия Комяковы (в документальной форме — Комяков) образована от прозвища Комяк. В основе лежит слово «комяга» — выдолбленное из бревна корыто, которое использовали как лодку-долбушку, кормушку для скота или водопойную колоду. Комяком в народе называли мастера, который жил в лесу и промышлял выделкой таких грубых деревянных изделий — топорных корыт, лодок-однодеревок. Вторую версию даёт этнонимическое значение: Комяком могли прозвать выходца из народа коми, живущего на севере России. В этом случае прозвище указывало на происхождение, а не на ремесло. Обе версии правдоподобны, но первая — прозвище по занятию — встречается в фамилиях этого типа чаще.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе прозвища Комяк прибавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Комяка» или «из семьи Комяка». Историк С. Б. Веселовский в своих ономастических записях упоминает Комякиных — посадских людей в Вязьме в 1624 году. Форма «Комякины» показывает, что в основе лежало то же прозвище, но с другим суффиксом, что говорит о параллельном бытовании однокоренных фамилий. Комяковы, скорее всего, происходят из тех же северных или центральных областей России, где были распространены лесные промыслы и проживали коми.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно: процесс закрепления прозвищ шёл веками. Ясно, что к XVII веку фамилии на -ов уже активно передавались по наследству среди посадских и крестьян. Комяковы — один из памятников русской антропонимии, где за бытовым прозвищем стоит и ремесло, и возможный этнический след.