Фамилия Комяков образована от прозвища Комяк. Его происхождение неочевидно, и у лингвистов есть как минимум две версии.

Первая связывает прозвище с ремеслом. В русских говорах словом «комяга» называли грубо выдолбленное из цельного бревна корыто — его использовали как лодку-однодеревку, как кормушку для скота или как колоду для водопоя. Человек, который занимался выделкой таких комяг и прочих топорных изделий из дерева, мог получить прозвище Комяк. Это указывает на род занятий и, вероятно, на жизнь в лесной местности.

Вторая версия — этническая. Комяком на Руси могли прозвать представителя народа коми, живущего на севере. Такое прозвище закреплялось за человеком, пришедшим из тех краёв, и со временем тоже превратилось в фамилию.

Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — ремесленная — встречается в ономастике чаще. На это указывает и словообразовательная модель: суффикс -як в прозвищах нередко образовывал названия людей по их занятию или характерному предмету (ср. Рыбак, Кожемяка). Фамилия закрепилась с типичным русским патронимическим суффиксом -ов, отвечающим на вопрос «чей?»: сын Комяка — Комяков.

Известно, что в начале XVII века в Вязьме жили посадские люди Комякины — это зафиксировано в работах историка С. Веселовского. Комяковы, скорее всего, имеют с ними общий корень, хотя форма фамилии различается суффиксом. В любом случае, фамилия редкая и не массовая, что говорит о локальном происхождении рода — из лесных районов центральной или северной России.