Фамилия Комякова хранит память о прозвище предка — Комяк. Его происхождение неочевидно, и у исследователей есть как минимум две версии, какая из них верна для конкретной семьи, сказать сложно.

Первая версия связывает прозвище с ремеслом. В основе лежит слово «комяга» — так в старину называли грубо выдолбленное из цельного бревна корыто. Комяги использовали как лодки-однодеревки, корыта для скота или ёмкости для заготовки кормов. Человек, который делал такие изделия, мог получить прозвище Комяк. Вероятно, он жил в лесной местности, где было много подходящего материала, и промышлял выделкой этой нехитрой, но нужной в хозяйстве утвари.

Вторая версия выводит прозвище из этнонима «коми» — названия финно-угорского народа, населяющего северные территории России. Комяком могли прозвать выходца из этих земель или человека, который внешне или по поведению напоминал северных соседей. Такое прозвище указывало бы не на занятие, а на происхождение или место, откуда пришёл основатель рода.

В исторических документах встречаются родственные фамилии. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Комякиных — посадских людей, записанных в 1624 году в Вязьме. Это говорит о том, что прозвище и образованные от него фамилии бытовали уже в XVII веке, причём не только в северных, но и в центральных русских землях.

По словообразовательной модели фамилия Комякова — типичная русская фамилия с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «сын Комяка» или «из семьи Комяка». Форма Комякова — женская или родительная падежная форма от мужской фамилии Комяков, которая, в свою очередь, образована от прозвища Комяк. Иными словами, фамилия прямо отвечает на вопрос: чей? — Комякова (дочь, жена, вдова человека по прозвищу Комяк).

Таким образом, фамилия Комякова может указывать либо на род занятий предка — мастера по выделке долблёных корыт и лодок, либо на его этническое происхождение. Обе версии имеют право на существование, и выбрать между ними можно только при наличии точных сведений о конкретной семейной истории.