Фамилия Конфедератова звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её основа — слово «конфедерат», которое в России имело два совершенно разных значения. Первое и самое очевидное — участник конфедерации, то есть политического или военного союза. Второе, более бытовое и, вероятно, ключевое для происхождения фамилии, — так называли католиков или униатов, особенно в южных и западных губерниях Российской империи. Слово «конфедерат» могло стать прозвищем человека, который придерживался католической веры или был выходцем из Речи Посполитой. Соответственно, фамилия Конфедератова — женская форма, а мужская — Конфедератов.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединяется к основе прозвища или мирского имени. Это указывает на то, что предок носительницы фамилии был известен как Конфедерат. В среде крестьян и мещан такое прозвище могло закрепиться за человеком, который чем-то выделялся на фоне православного большинства: либо верой, либо связями с западными землями, либо даже внешностью, напоминавшей поляка или литвина. Нельзя исключать и более узкую версию: в некоторых регионах «конфедератами» называли участников Барской конфедерации (1768–1772) — польского шляхетского объединения против влияния России. Если предок был сослан или переселился после подавления восстания, прозвище могло закрепиться за ним и его потомками.

Фамилия редкая и географически привязана к южнорусским и западнорусским губерниям — современным Белгородской, Воронежской, Курской областям, а также к землям бывшей Черниговщины и Полтавщины. Встречается она и на Украине, но в несколько иной форме — Конфедерат, без русского суффикса. В России же форма Конфедератов/Конфедератова явно указывает на то, что фамилия прошла адаптацию в русской языковой среде: прозвище перестало быть просто прозвищем и стало родовым именем, закреплённым за целой семьёй.

Примечательно, что фамилия не имеет отношения к дворянству или какому-то одному сословию. Скорее всего, предки Конфедератовых были либо однодворцами (служилыми людьми на южных рубежах), либо государственными крестьянами. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались у людей, которые не могли похвастаться родословной, но имели устойчивое прозвище, перешедшее в официальный учёт. В отличие от фамилий на -ский, которые часто выдавали польское шляхетское происхождение, Конфедератова — демократичная, «мужицкая» по форме, но с яркой исторической подоплёкой.