Фамилия Конфедорат — редкая и нестандартная для русского языка. Сразу бросается в глаза её основа: она не славянская, а книжная, латинского происхождения. Скорее всего, в основе лежит слово «конфедерат» (от лат. confoederatus — «союзник, член союза»). В истории России это слово было хорошо известно: конфедератами называли участников военно-политических союзов в Речи Посполитой, особенно в XVIII веке, когда польская шляхта объединялась против короля или соседних государств. Однако носитель фамилии мог быть не поляком, а русским, получившим прозвище за связь с этими событиями или за характер, напоминающий «союзника» — человека, который всегда ищет поддержки или действует сообща.

Суффикс фамилии — нулевой. В русской ономастике это нетипично: большинство русских фамилий оканчиваются на -ов, -ин, -ский. Конфедорат стоит в форме чистого существительного, без добавочного суффикса. Такая модель встречается у фамилий, образованных от прозвищ или иноязычных слов, которые вошли в русский быт без переделки. Например, так появились фамилии Атаман, Гетман, Князь. Конфедорат — того же ряда: прозвище закрепилось за человеком, которого в окружении звали «конфедератом» — возможно, за участие в польских делах, за связь с Западом или за склонность к союзам и переговорам.

Географически фамилия, скорее всего, западнорусская или белорусская. В тех краях влияние Речи Посполитой было сильным, а польские слова и названия проникали в быт. Встречаются варианты написания: Конфедерат (с «е» после «д») — более логичная форма, но Конфедорат мог возникнуть из-за диалектного произношения или ошибки писаря. В дореволюционных документах такие искажения — обычное дело: записывали на слух, а не по правилам.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был невысоким: прозвище давали крестьянам, мещанам или однодворцам. Дворянские фамилии в России редко образовывали от чужих политических терминов без суффикса. Конфедорат — это бытовое, «уличное» имя, которое потом закрепилось в документах. Носителей этой фамилии в современных источниках почти нет — она осталась единичной, что только подтверждает её нестандартное происхождение.