Фамилия Конгаа — редкий случай, когда географический разбор важнее морфологического. Судя по структуре, это не славянская и не тюркская фамилия, а скорее всего тувинская или южносибирская. В тюркских и монгольских языках Южной Сибири (тувинском, тофаларском) слово «конгаа» или «хонгаа» может означать «колокольчик», «бубенчик» — звонкий предмет, который подвешивали к шее скота или использовали в шаманских обрядах. В таком случае прозвище Конгаа мог получить человек с громким голосом или тот, кто отливал колокольчики.

Фамилия оформлена без типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин), что указывает на её позднюю фиксацию в документах уже в советское время, когда представителям коренных народов Сибири записывали фамилию по имени или прозвищу отца без добавления окончаний. В Туве фамилии такого типа — норма, а не исключение.

Есть и альтернативная версия: в некоторых диалектах хакасского и алтайского языков «конгаа» — это «высокий», «длинный». Тогда фамилия могла закрепиться за долговязым предком. Но звонкая семантика (колокольчик) встречается чаще и лучше объясняет необычное звучание.

Сравните с однокоренными фамилиями: Конгаров (русифицированный вариант), Конгаев (с тюркским суффиксом принадлежности). Конгаа — более архаичная форма, сохранившая исходное звучание прозвища. Носители фамилии сегодня живут преимущественно в Республике Тыва и соседних регионах Южной Сибири.