Фамилия Конистеров — один из тех редких случаев, когда за привычным русским окончанием -ов скрывается нерусская, скорее всего, профессиональная основа. Вопреки возможному первому впечатлению, корень здесь не связан ни с конём, ни с конюшней. Самая вероятная версия возводит фамилию к слову «конистер» или «конистор» — так в старину могли называть мастера, изготавливавшего конические сосуды, бочонки или другую утварь конической формы. Суффикс -ер в основе указывает на деятельность человека (сравните: «шахтёр», «токарь»), а само слово, возможно, заимствовано через польское или немецкое посредничество, где подобные названия ремёсел были распространены.

Менее распространённая, но тоже допустимая гипотеза связывает фамилию с географическим названием. В Польше и западных областях Беларуси встречаются топонимы вроде Кониста или Конистер — оттуда предок мог получить прозвище по месту выхода. В таком случае Конистеров — это вариант «переходной» фамилии, где суффикс -ов добавили уже на русской почве, адаптировав иноязычную основу под привычную модель.

В любом случае, фамилия явно не массовая. Она не встречается в старых боярских списках или переписях крестьян центральных губерний — её очаги, скорее всего, находятся на западе или юго-западе России, а также в среде потомков переселенцев из Речи Посполитой. Обратите внимание на ударение: в большинстве говоров оно падает на третий слог — Конисте́ров, что дополнительно подчёркивает нерусское происхождение основы. В документах XIX века фамилию могли писать через «а» (Канистеров) — это следствие акающего произношения, которое не меняло сути прозвища.