Фамилия Коночкин — один из ярких примеров того, как в русском именослове закрепилась уменьшительная форма крестильного имени. В основе лежит имя Коночка — ласковый, домашний вариант канонического имени Конон. Само имя Конон пришло на Русь из греческого языка и означает «трудящийся» или «труженик».

В православном календаре за именем Конон стоит несколько святых, но самый известный — преподобный Конон Пентуклийский, игумен монастыря в Малой Азии. Церковное предание сохранило любопытную историю: святой избегал крестить женщин, опасаясь искушения, но по молитвам Иоанна Предтечи избавился от этой слабости. Для ономастики эта деталь важна тем, что имя было распространено в монашеской среде, а значит, фамилия Коночкин могла возникнуть в среде, близкой к церковной.

Модель образования фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Коночкин — это «сын Коночки». В XVI–XVII веках такие фамилии на -ин активно формировались в среде крестьян и посадских людей, и здесь Коночкин ничем не отличается от тысяч других «домашних» фамилий вроде Мишкин или Васькин. Интересно, что полная форма имени — Кононов — встречается реже, а вот уменьшительный вариант, наоборот, закрепился прочнее: так бывает, когда имя в быту использовали чаще, чем официальное церковное.

Встречается фамилия преимущественно в центральных областях России, особенно в бывших Рязанской и Тамбовской губерниях. Там же фиксируются и однокоренные прозвища: например, Кононка — так могли называть не только человека с именем Конон, но и, по некоторым говорам, ремесленника, работающего с коноплёй (от диалектного «конопля»). Но эта версия менее вероятна: ударение в фамилии сохраняется на втором слоге (Коно́чкин), что прямо указывает на имя, а не на растение.

Таким образом, Коночкин — фамилия прозрачная, без загадок: предок носителя был человеком по имени Конон, которого в семье ласково звали Коночкой.