Фамилия Коноховець звучит не по-русски, а по-украински. Это первое, что бросается в глаза: суффикс -ець (в русском варианте было бы -овец) и мягкое окончание выдают носителя западнорусских или украинских говоров. В современной России такая фамилия редка, а её корни, скорее всего, ведут на Волынь, в Подолье или Галичину.

Основа фамилии — Конох. Это не каноническое имя, а скорее прозвище или производное от имени. Самый прямой путь — от имени Конон (греч. «трудящийся», «работающий»). В украинской народной традиции имя Конон часто сокращали до Конох, а затем добавляли патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «Конохов» — сын Коноха. Форма Коноховець означает «маленький Конохов» или «потомок Коноха» — типичная для западных земель модель, где суффикс -ець (-ец) выполнял роль уменьшительности или указывал на молодого члена рода.

Есть и вторая, более редкая версия. В некоторых говорах «конох» могло быть прозвищем конюха или человека, ухаживающего за лошадьми (от «конь»). В этом случае фамилия образована от названия профессии, минуя имя. Но лингвистически это менее вероятно: для прозвища «конюх» естественнее форма Коноховский или Конюхов, а не Коноховець. Гласная «о» в корне (не «ю») указывает на имя Конон как на исходную точку.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную словообразовательную модель. В XVIII–XIX веках на Правобережной Украине фамилии на -ець были особенно распространены среди крестьян и казаков. Они часто возникали как «уличные» прозвища целых семей: «чии вы будете?» — «Коноховці». Так за человеком закреплялось указание на его род, а не на личное качество. Поэтому предки носителя фамилии Коноховець — скорее всего, не знатные люди, а свободные сельские жители или казаки, чья фамилия просто констатировала: «мы из рода Коноха».