Фамилия Кононицын — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а профессия, и эта профессия хорошо прослеживается по суффиксу. В русских фамилиях суффикс -ын (или -ин) обычно указывает на принадлежность: «чей сын?» — Кононицын. Но если бы это было от имени Конон, форма звучала бы как Кононов (от Конон) или Кононин (от Кононя). Здесь же перед -ын стоит -иц-, что выдаёт происхождение от слова «кононица».

Кононица — это не имя, а прозвище или профессиональное название. В северных и центральных говорах «кононица» означала конюшню, а «коно́ник» — конюха, человека, ухаживающего за лошадьми. Соответственно, Кононицын — буквально «сын конюха» или «сын того, кто при конюшне». Такая модель типична для фамилий, образованных от названий ремесла или места работы: Кузнецов, Плотников, Мельников — и по тому же принципу Кононицын, но с более узкой региональной привязкой.

Версия о том, что основа — каноническое имя Конон (от греч. «трудящийся»), менее убедительна. От этого имени пошли фамилии Кононов, Кононенко, Кононович, а Кононицын стоит особняком. Если бы предка звали Конон, его сына назвали бы Кононовичем или Кононовым, а не «кононицыным». Поэтому ономасты (в частности, в работах по русской антропонимии) относят фамилию к «профессиональным» — от прозвища, а не от крестильного имени.

Фамилия крайне редкая. Встречается в основном в Вологодской и Архангельской областях, а также на Урале — в регионах, где конное дело было основой хозяйства, а слово «кононица» сохранялось в диалектах. В списках дворянства и купечества Кононицыны не значатся: это фамилия крестьянская или посадская, возникшая в среде, где прозвище по роду занятий закреплялось за семьёй.

Написание с буквой «ы» после «ц» — архаичное, но грамматически верное для фамилий XIX века: Кононицын, а не Кононицин. В современных документах иногда встречается вариант Кононицин, но исторически правильная форма — через «ы», что подтверждается старыми метрическими книгами.