Фамилия Кононицына — женская форма, а мужская, Кононицын, образована от прозвища или имени Кононица. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с основой «Конон». Это каноническое имя Конон (от греческого «конос» — конус, или, по другой версии, «конао» — трудиться, стараться), которое в народной речи давало множество производных форм. Кононица — одна из таких уменьшительно-ласкательных или обиходных вариаций, как, например, Коноша или Коня. Суффикс -иц- в основе — типичный для русских прозвищ и имён, придающий оттенок ласкательности или принадлежности: «маленький Конон» или «сын Конона».

Самый вероятный путь появления фамилии: сначала существовало прозвище Кононица, которое закрепилось за человеком, чьё имя в крещении было Конон. В быту имя Конон встречалось нередко, особенно в среде крестьян и духовенства, где были популярны греческие святцы. Память святого Конона Исаврийского (мученика III века) и Конона Градаря (огородника) почиталась на Руси, что поддерживало употребление имени. Фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кононицын, то есть потомок или человек из семьи Кононицы.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где имя Конон было особенно распространено в XVI–XVII веках. В писцовых книгах и переписных листах можно встретить крестьян и посадских людей с этим именем, а позже — их детей, записанных как Кононицыны. Встречается также вариант написания с одной «н» — Коницын, но он может восходить и к другому корню (от «конь» или «кона» — кон, граница).

С точки зрения социального контекста, Кононицыны — это, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников. Фамилия не принадлежала к числу дворянских или купеческих «громких» родов, а бытовала в среде простого народа, где имя Конон давали по святцам, не задумываясь о моде. Интересная деталь: в некоторых говорах слово «кононица» могло означать не только уменьшительное от имени, но и прозвище человека, который «конует» — то есть медлит, копается, или, наоборот, того, кто постоянно ставит кон (границу) в играх. Впрочем, связь с именем остаётся основной и самой надёжной версией.