Фамилия Кононуха звучит необычно и сразу обращает на себя внимание редким окончанием -уха. Такое окончание — верный признак того, что перед нами не искусственная, канцелярская фамилия, а живое прозвище, закрепившееся в речи. В русской ономастике суффикс -уха характерен для прозвищ, данных по характерному признаку, поведению или внешности: Вертуха, Говоруха, Крикуха. Кононуха, скорее всего, стоит в этом же ряду.

Основа фамилии — «Конон». Это каноническое мужское имя греческого происхождения, означающее «трудящийся», «победитель» (от греческого «конос» — труд). Имя было распространено в среде духовенства и крестьянства, известно несколько святых с таким именем. От имени Конон образовалось множество фамилий: Кононов, Кононенко, Конин. Но форма Кононуха — уникальный вариант, сохранивший прозвищный характер.

Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище Кононуха в кругу односельчан. Так могли назвать человека, которого звали Кононом, но с оттенком фамильярности или иронии. Либо прозвище закрепилось за кем-то из его детей или домочадцев: в некоторых говорах суффикс -уха обозначал принадлежность к кому-то (сравните «сын Кононуха» — то есть сын Конона). Со временем прозвище перешло в фамилию и закрепилось за родом.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где были распространены подобные прозвищные модели. Встречается она редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: найти носителей фамилии Кононуха можно в основном в документах XIX — начала XX века по Курской, Воронежской, Харьковской губерниям.

Таким образом, фамилия Кононуха — это живое свидетельство народной словотворческой традиции. Она не просто указывает на имя предка, но и сохраняет интонацию деревенского общения, где прозвище было точнее и ярче официального имени.