Фамилия Кононухина — женская форма, мужской вариант — Кононухин. В основе лежит имя Конон, древнегреческое «конон» означало «работающий», «трудящийся» или, по другой версии, «побеждающий». В православных святцах имя известно по мученику Конону Исаврийскому и Конону Градарю (огороднику), что закрепило за ним бытовой смысл «огородник» в некоторых крестьянских говорах.

Редкость фамилии — в суффиксе. Обычная модель образования от имени Конон — Кононов, Кононенко, Кононовский. Суффикс -ух- в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на прозвищную форму: от имени делали уменьшительное или уничижительное Кононуха (Кононушка). Такая форма типична для северных и северо-западных областей России — Архангельской, Вологодской, Вятской губерний, где активно использовали суффиксы -ух(а), -юх(а) для образования обиходных имён: Макаруха, Ивануха, Петруха.

Таким образом, Кононухин — потомок человека, которого в быту звали Кононуха, то есть «маленький Конон» или «Конон-работяга». Фамилия недворянская, крестьянская или посадская, что подтверждается её привязкой к просторечной модели именования. Встречается она локально, преимущественно в бывших северных губерниях и у староверов, где имя Конон было популярнее, чем в центральной России.

Если сравнивать с однокоренными, то Кононухин стоит особняком от массовых Кононовых: он сохраняет архаичную, почти диалектную форму прозвища, что делает его ценным для историков русской антропонимии как пример «живого» суффиксального образования, почти исчезнувшего в XX веке.