Фамилия Копаницына — женская форма от мужской Копаницын, и её разбор лучше начать с суффикса. Суффикс -ицын (-ицына) встречается реже, чем -ин или -ов, и указывает на принадлежность: чей? — Копаницын, то есть сын человека по прозвищу Копаница. Если бы основа оканчивалась на -а, суффикс был бы -ин (Копанин), но здесь в основе «Копаниц-» — след старого мягкого окончания.

Прозвище Копаница напрямую связано с глаголом «копать» и суффиксом -иц(а), который в русских говорах часто образовывал названия орудий или лиц по действию. Копаницей могли назвать землекопа, могильщика, человека, занятого рытьём канав или колодцев. В северных и центральных губерниях «копаница» — это ещё и лопата, заступ, так что прозвище могло перейти на владельца такого инструмента или на того, кто им постоянно работал. Реже, но правдоподобно: в псковских и тверских говорах копаницей называли яму или углубление — тогда прозвище давали по месту жительства (у копаницы, то есть у оврага или ямы).

Фамилия Копаницын (и Копаницына) — русская, формировалась в среде крестьян и посадских людей, где прозвища по ремеслу были нормой. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии встречаются в переписях северо-запада России, особенно в Новгородской и Псковской землях. Например, в писцовых книгах можно найти «крестьянина Копаницу» — без фамилии, только прозвище, которое позже закрепилось за его потомками.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Копа́ницына. Это согласуется с ударением в исходном слове «копа́ница» (от «копа́ть»). Вариант с ударением на третий слог (Копани́цына) возможен, но менее типичен для этой словообразовательной модели.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Копаев, Копанёв, Копнин — показывает, что Копаницына стоит особняком: суффикс -ицын редок и указывает на конкретное прозвище, а не на отчество от имени (как Копнин от Копна). Это делает фамилию ценной для генеалогии — она почти наверняка ведёт к одному предку-ремесленнику, а не к массовому крестильному имени.