Фамилия Копункина — женская форма мужской фамилии Копункин, и её происхождение напрямую связано с русским диалектным словом «копун» или «копуша». В народной речи так называли медлительного, кропотливого человека, который возится с делом дольше, чем нужно. Глагол «копаться» в значении «мешкать, делать неспешно» дал множество прозвищ по всей России, и «Копун» — одно из самых прямых. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей сын?» — Копункин, то есть сын Копуна.

Интересно, что слово «копун» не было исключительно ругательным. В крестьянском быту медлительность нередко соседствовала с тщательностью: копун мог быть добросовестным ремесленником, который не гнался за скоростью, а доводил изделие до ума. Поэтому прозвище могло закрепиться и за терпеливым мастером — например, за плотником, сапожником или бондарем, который «копался» над заказом.

Географически фамилия Копункины встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. В этих краях слово «копуша» было в ходу до XX века, и местные говоры сохранили его в значении «медлительный человек». Это косвенно подтверждает северное происхождение фамилии: в условиях сурового климата неспешность воспринималась скорее как недостаток, поэтому прозвище давали яркое и запоминающееся.

Словообразовательная модель проста: основа «копун» плюс патронимический суффикс -к- (Копунка — уменьшительная форма от Копун) и затем -ин. Такой двойной суффикс — явление нередкое в русских фамилиях: он смягчает исходное прозвище, делая его почти ласкательным. В отличие от фамилий вроде Копылов (от «копыто»), здесь нет связи с животными или предметами — корень чисто глагольный, поведенческий.

В отличие от более известных однокоренных фамилий — Копытин, Копейкин — Копункина никогда не была массовой. Она осталась локальной, не перешагнув границы нескольких уездов. Это типичная «гнездовая» фамилия, которая могла возникнуть в одном селе и распространиться только среди потомков одного прозвищного предка.