Фамилия Копункин происходит от прозвища Копунок, которое, скорее всего, дали человеку с определенным складом характера или родом занятий. Самая очевидная версия отталкивается от глагола «копошиться» — делать что-то медленно, мешкотно, возиться. В этом случае Копунком называли неторопливого, даже излишне медлительного человека. Такие прозвища по поведению давали в крестьянской среде очень часто, они были точной и понятной характеристикой.

Однако корень «коп-» допускает и другие толкования. Вторая версия связывает прозвище с профессиональной деятельностью: Копунок мог быть тем, кто копает землю, колодцы или могилы. Это ремесленное прозвище, которое давали по конкретному, заметному в деревне занятию. Третья, менее очевидная гипотеза, выводит прозвище от слова «копить» — то есть копить деньги и добро. Тогда Копунок — это человек запасливый, возможно, прижимистый или даже скуповатый. Такой вариант встречается реже, но имеет право на существование, поскольку в диалектах встречаются похожие формы.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Копунок добавился суффикс принадлежности -ин, который указывает на родство: «чей?» — Копункин, то есть сын или потомок Копунка. Фамилия довольно редкая, и её география не привязана к одной области — носители встречаются и в центральных регионах России, и на Урале. Из-за неоднозначности корня у фамилии нет единственного «правильного» значения, и это нормально для прозвищ, возникших в живой народной речи.