Фамилия Корнатовская — женская форма фамилии Корнатовский, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ская (мужской вариант -ский) указывает на типично польскую или западнорусскую (шляхетскую, позднее мещанскую и крестьянскую) модель образования. Такие фамилии часто давались по названию поместья, местечка или усадьбы, где жил первопредок. То есть Корнатовский — это «тот, кто из Корнатова» или «владелец Корнатова».

Основа фамилии — Корнат. Это может быть либо прозвище, либо вариант имени. Самая вероятная версия: Корнат — это искажённая или диалектная форма канонического имени Корнелий (от латинского cornu — «рог»). В польской и белорусской традиции имя Корнелий нередко сокращалось до Корнат, как, например, Ян от Иоанна. Менее распространённое, но возможное объяснение — связь со словом «корнать» (резать, укорачивать, стричь неаккуратно). В этом случае прозвище Корнат мог получить человек с короткой стрижкой, с отрубленным пальцем или тот, кто занимался стрижкой овец или сукна. Однако имя-основа выглядит убедительнее, так как прозвище Корнат в источниках встречается реже, чем производные от крестильных имён.

Географически фамилия Корнатовский тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой — современной Западной Украине, Беларуси и восточным воеводствам Польши. Там же находятся топонимы Корнатовка, Корнатово, которые могли дать начало фамилии. В Российской империи после разделов Польши такие фамилии часто попадали в дворянские родословные книги, но носителями могли быть и однодворцы, и мещане.

В русском языке ударение обычно падает на предпоследний слог: Корнато́вская. Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Корнатовская, корни, скорее всего, ведут в западнорусские или польские земли, а предки были связаны с мелкопоместной шляхтой или городским сословием.