Фамилия Корнилицын — редкий случай, когда суффикс «цепляется» за полную церковную форму имени, а не за его обиходный вариант. В её основе лежит каноническое мужское имя Корнилий, которое в русской традиции чаще превращалось в Корней или Корнил. Но здесь мы видим иную модель: к полному имени Корнилий добавили суффикс -ицын, что в корне меняет историю фамилии.

Суффикс -ицын в русских фамилиях встречается заметно реже, чем -ин или -ов. Обычно он образовывал притяжательные прилагательные от основ на -ица: «сестрицын» (от сестрица), «водицын» (от водица). В случае с фамилией Корнилицын логика та же: исходным словом было не имя Корнилий напрямую, а уничижительная или ласкательная форма — Корнилица. Так в быту могли называть ребёнка или незнатного человека, отсюда и фамилия: «чей сын? — Корнилицын», то есть потомок того, кого в семье или в деревне звали Корнилицей.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где дольше сохранялись архаичные модели словообразования. В южных и западных областях предпочли бы форму Корниленко или Корнильев. Есть и более прозаичная версия: в некоторых говорах суффикс -ицын мог присоединяться к фамилиям на -ицкий при их русификации, но для Корнилицына это маловероятно — слишком далека основа.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, насколько нестандартен этот путь. Корнилов, Корнеев, Корнильев — все они образованы от кратких форм имени через суффиксы -ов/-ев. Корнилицын же стоит особняком, и его носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, где закрепилась именно эта уменьшительная форма. В дореволюционных переписях фамилия фиксируется эпизодически, в основном среди крестьян и мещан, что косвенно подтверждает её «домашнее» происхождение — от прозвища, данного внутри семьи, а не от официального имени.