Фамилия Костанян — армянская по модели образования, но её основа ведёт в казахстанскую степь. В армянской традиции фамилии на -ян (реже -ан) указывают на принадлежность к роду: дословно «из семьи Костанай». Вопреки ожиданиям, корень здесь не личное имя, а топоним — город Костанай (до 1997 года официально Кустанай) на северо-западе Казахстана.

Костанай возник в 1879 году как торговое поселение на реке Тобол. К началу XX века он превратился в перевалочный пункт между Азией и Россией, где сходились караванные пути и железная дорога. Один из английских путешественников, заставший город в те годы, назвал его в дневнике «вторым Чикаго» — за размах ярмарок и деловую хватку местных купцов. Пыльные улицы, двухэтажные деревянные дома и крупнейший в регионе пивоваренный завод швейцарца Лореца (с фирменными бутылками, что тогда было редкостью) — так выглядел Кустанай в пору своего расцвета. В 1950-е сюда хлынули переселенцы на целину, и город надолго стал зерновым центром.

Скорее всего, предок носителей фамилии Костанян был уроженцем или долгим жителем этого города. Армянские фамилии, образованные от неармянских топонимов, встречаются нечасто — и это как раз тот случай, когда географическое имя закрепилось за родом. Формант -ян указывает на происхождение: «из рода Костанай».