Фамилия Костенниковы — один из примеров того, как одно и то же слово могло возникнуть в языке из разных источников. Словообразовательная модель здесь прозрачна: сначала было прозвище Костенник, а к нему добавился стандартный русский суффикс -ов, дающий форму притяжательного прилагательного («чей?» — «Костенников сын»). Со временем это закрепилось как наследственная фамилия.

Версий происхождения основы Костенник — две, и обе равноправны.

Первая связывает прозвище с нарицательным «кость». В этом случае Костенником могли назвать очень худого, костлявого человека — по внешнему признаку. Но не менее вероятно, что прозвище относилось к роду занятий: так могли называть мастера, который работал с костью — делал гребни, пуговицы, рукояти ножей, наконечники стрел. Косторезное ремесло было распространено на Руси, особенно в северных и центральных регионах, где существовал промысловый доступ к сырью.

Вторая версия выводит Костенника из народной формы крестильного имени Константин. Имя это греческое, означает «стойкий, постоянный». В русской среде оно часто сокращалось до Костя, а от него образовывали уменьшительные или обиходные варианты: Костец, Костеня, Костенник. Если фамилия пошла от имени, то предок Костенниковых был просто Константином, а Костенник — его бытовым прозвищем в семье или общине.

Выбрать одну из версий сложно, потому что обе типичны для русской ономастики. Но в пользу «ремесленной» говорит то, что суффикс -ник в прозвищах часто указывал на человека по его занятию (ср. Сапожник, Скорняк, Свечник). Если же в основе лежит имя, то форма Костенник — довольно редкая, что делает фамилию менее тривиальной, чем, например, Костин или Константинов.

О точном месте и времени возникновения фамилии определенно сказать нельзя: процесс формирования русских фамилий тянулся несколько столетий, и Костенниковы могли появиться независимо в разных губерниях. Тем не менее, сама фамилия — хороший пример того, как за одним корнем могут стоять и внешность человека, и его ремесло, и церковное имя, данное при крещении.