Фамилия Костпомина — редкий случай, когда написание почти наверняка искажено. Скорее всего, перед нами не оригинальная форма, а результат описки или ошибки в документе. Правильная фамилия, от которой она произошла, — Костомин. В русской ономастике сочетание «-п-» в середине корня нетипично для фамилий, образованных от прозвищ или имен. Вероятнее всего, буква «п» появилась из-за слияния с предлогом или при переписывании: «Костомина» могли записать как «Кост п(о)мина», а затем сросшееся написание закрепилось.

Если отталкиваться от исходной формы Костомин, то фамилия образована по стандартной патронимической модели с суффиксом -ин. Основа — прозвище Костома. В говорах «костома» означало костлявого, худого человека, того, у кого «кожа да кости». В словаре Даля слово «костома» зафиксировано именно в этом значении — «костлявый, худощавый». Таким образом, предок носителя фамилии получил прозвище за внешность: сухощавое телосложение, выступающие кости.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Костомин — «сын Костомы». Это типичная модель для русских фамилий, распространённая в центральных и северных губерниях. Географически фамилия Костомин встречается в основном в Вологодской, Архангельской областях и на Урале — регионах, где сохранялись архаичные прозвища.

Интересно, что фамилия Костпомина (даже в искажённом виде) женская по форме. В русской традиции фамилии на -ин склоняются по родам: Костомин — Костомина. Если в документах закрепился вариант Костпомина, это может быть следствием того, что запись делали с женского имени (например, вдовы или матери), а затем форма застыла. Редкость написания делает её своеобразным маркером — почти все носители, скорее всего, потомки одной семьи, чью фамилию когда-то записали неверно.