Фамилия Ковайкин происходит от прозвища Ковайка, и её происхождение неоднозначно. Основная версия связывает её с эрзянским словом «кав» — «клеть, чулан». В этом случае Ковайкой могли назвать человека, который жил в тесном помещении, чулане или небольшой клетушке. Однако есть и другая, не менее интересная гипотеза: прозвище могло возникнуть от эрзянского глагола «каванямс» — «угощать». Тогда Ковайка — это щедрый, гостеприимный хозяин, который любил привечать гостей. Третья версия, самая простая, выводит прозвище из русского глагола «ковать». В таком случае Ковайка — это кузнец, человек, работавший с раскалённым металлом, и фамилия относится к «профессиональным» именованиям.

Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Ковайкин, то есть сын или потомок Ковайки. Такая модель характерна для многих фамилий, возникших от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а или -я.

Географически фамилия прочно связана с Мордовией. В Книге памяти Республики Мордовия упоминаются Михаил Леонтьевич Ковайкин (1892 года рождения) и Фёдор Гаврилович Ковайкин (1888 года рождения). Это подтверждает, что фамилия бытовала именно в мордовском регионе, где смешение эрзянских и русских языковых элементов дало несколько возможных толкований основы.

Выбрать одну версию сложно: все три лингвистически обоснованы. Но если опираться на региональную привязку, эрзянские корни выглядят более вероятными, чем русское «ковать». Прозвище Ковайка могло возникнуть на стыке языков и бытовых реалий, а фамилия Ковайкин закрепилась за потомками того самого «чуланщика», «угощателя» или кузнеца.