Фамилия Ковайкина образована от прозвища Ковайка, и её происхождение уходит корнями в мордовские земли. Вопреки распространённому мнению, связь с русским глаголом «ковать» здесь не самая очевидная. Гораздо убедительнее выглядит версия, связывающая прозвище с эрзянским языком. По одной из гипотез, основа «кав» означала «клеть» или «чулан» — так могли прозвать человека, жившего в тесном помещении или небольшой пристройке.

Более интересна другая эрзянская версия: от глагола «каванямс» — «угощать». В этом случае Ковайкой называли щедрого, хлебосольного хозяина, который не скупился на угощение для гостей. Такое прозвище — скорее комплимент, чем насмешка, и оно говорит о характере человека.

Третья, чисто русская гипотеза, связывает прозвище с ремеслом кузнеца, то есть с глаголом «ковать». Однако в пользу мордовского происхождения говорит география фамилии. В Книге памяти Республики Мордовия зафиксированы реальные носители: Михаил Леонтьевич Ковайкин (1892 года рождения) и Фёдор Гаврилович Ковайкин (1888 года). Оба уроженцы Мордовии, что подтверждает региональную привязку фамилии. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Ковайкины — потомки человека по прозвищу Ковайка.