Фамилия Ковбеня — украинская по происхождению. Она образована от прозвища, в основе которого лежит слово «ковбан». Так на Украине называли обрубок толстой древесины с выдолбленной серединой. Из такого чурбака делали ульи, лодки-однодеревки, корыта — словом, вещи, необходимые в крестьянском хозяйстве. Поэтому первый носитель фамилии вполне мог быть бортником, плотником или бондарем, то есть человеком, который работал с деревом и изготавливал из него нужную в быту утварь.

Но у этого прозвища есть и вторая, переносная, сторона. На Украине ковбеней нередко называли человека неповоротливого, неуклюжего или тучного. В таком случае прозвище закреплялось за носителем по внешности или манере поведения. Какая из версий верна для конкретного предка, сейчас сказать трудно, но обе они вполне правдоподобны.

Сама фамилия образована по распространённой восточнославянской модели: к основе Ковбен- добавился суффикс -я, который в украинской ономастике часто выполняет роль уменьшительного или просто разговорного окончания, закрепляя прозвище как фамилию. Похожий принцип встречаем в фамилиях типа Шульга, Войтеня, Кисля. То есть Ковбеня — это не «сын Ковбена» (как было бы с суффиксом -енко), а скорее сам Ковбеня, прозванный так по прямому или переносному смыслу слова.

Фамилия редкая, в основном встречается на западе и в центре Украины, а также среди потомков украинских переселенцев. В русских документах она могла записываться с искажениями — Ковбеня, Ковбенев, Ковбенин, — но исходная форма сохранила украинское звучание.