Фамилия Ковбеня образована от аналогичного прозвища, которое восходит к украинскому нарицательному «ковбан», что в переводе на русский язык означает «обрубок толстой древесины с выдолбленной серединой, который используют в качестве улей, лодки, корыта». Можно предположить, что основатель рода Ковбеня занимался изготовлением из дерева предметов, необходимых для ведения хозяйства. Однако, не исключено, что в основу прозвища Ковбеня легло переносное значение нарицательного «ковбан». На Украине Ковбеней нередко нарекали неповоротливого, неловкого, неуклюжего, тучного человека. В таком случае прозвище указывало на черты характера, поведение или внешние особенности его обладателя.