Фамилия Ковбаня — одна из тех, что сразу привлекает внимание своей нестандартной формой. В ней нет привычных русских фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её украинское или белорусское происхождение. Окончание -я здесь — не уменьшительно-ласкательное, а скорее признак прозвищной основы, которая застыла в именительном падеже. Такие фамилии (Ковбаня, Гуля, Вернигора) часто фиксировали за человеком его яркую черту или занятие без дополнительных переоформлений.

Корень фамилии — «ковб-» — уводит нас в диалектную лексику. В украинских говорах «ковба» или «ковбаня» может означать что-то грубое, неуклюжее, иногда — обрубок, чурбан. Наиболее вероятная версия: фамилия возникла как прозвище человека плотного, коренастого телосложения, возможно, невысокого роста, которого в шутку сравнивали с коротким и толстым поленом. Впрочем, не исключено и ремесленное значение: в некоторых регионах «ковбати» — рубить, тесать, так что Ковбаней могли прозвать лесоруба или плотника, работавшего грубо, без изящества.

Менее распространённая, но лингвистически возможная гипотеза связывает фамилию с тюркским словом «кобан» — «загон для скота», но это требует слишком сложных фонетических переходов и не подкреплено географией бытования. Основной ареал фамилии Ковбаня — западные области Украины, особенно Волынь и Подолье, а также юго-западные районы Беларуси. В России она встречается редко и почти всегда у потомков переселенцев из этих земель.

Особенность фамилии в том, что она не получила «обрусения» через суффиксы. Если бы носитель переехал в центральную Россию в XVIII–XIX веках, его потомки могли бы стать Ковбаниными, но этого не произошло. Значит, фамилия закрепилась в письменных документах уже в своей исходной форме, и её не «исправили» под общероссийский стандарт. Ковбаня — редкий пример прозвища, которое перешло в фамилию без изменений, сохранив грубоватый, но живой отпечаток народной речи.