Фамилия Ковдеева — редкий случай, когда суффикс -ев указывает не на типичную патронимическую модель, а на основу, которая почти вышла из употребления. Если бы фамилия звучала как Ковдеев, вопросов было бы меньше: перед нами отчество от прозвища или нецерковного имени Ковдей. Но женская форма Ковдеева — это либо фамилия самой женщины, либо, что чаще, фамилия её мужа или отца, записанная по правилам грамматики. Мужская форма, Ковдеев, встречается крайне редко, и это уже подсказка: корень здесь не «ковд-», а «ковдей».

Ковдей — слово, которое в русских говорах почти исчезло. По одной из версий, это вариант прозвища Ковда, которое, в свою очередь, связано с диалектным «ковда» — время, пора, срок. В северных и сибирских говорах «ковда» могло означать «когда», а прозвище Ковда давали человеку неторопливому или, наоборот, тому, кто всё делал «когда-нибудь», неспешно. От Ковды через суффикс -ей образовали Ковдей — скорее всего, так называли сына или человека, связанного с Ковдой. Суффикс -ей в русских фамилиях нечастый, но встречается: ср. Матвей (от Матфей), Тимофей, но в прозвищах он давал уменьшительно-ласкательный оттенок.

Другая версия, менее правдоподобная, но не исключённая, — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «ковда» или «кобда» означает «сосуд», «кувшин», и прозвище могло относиться к гончару или торговцу посудой. Однако для фамилии Ковдеева, которая явно звучит по-русски (суффикс -ев), такая версия слаба: тюркские основы обычно дают фамилии на -ов, а не на -ев, да и сама фамилия не зафиксирована в регионах с сильным тюркским влиянием.

Географически Ковдеева — фамилия, скорее всего, южнорусская или западнорусская. В современных базах данных она встречается единично, в основном в Белгородской и Воронежской областях, где диалектные слова с корнем «ковд-» ещё помнят старожилы. Это не дворянская фамилия и не крестьянская в привычном смысле — скорее всего, её носители были однодворцами или государственными крестьянами, жившими на южных рубежах России.

Таким образом, Ковдеева — это отчество от редкого прозвища Ковдей, которое означало либо «сын неторопливого человека», либо «человек, который всё откладывает». Фамилия сохранила архаичную словообразовательную модель и сегодня воспринимается как почти уникальная.