Фамилия Ковнатор — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или имя, а название города. Она образована от топонима Ковно — так до 1917 года официально называли город Каунас, нынешнюю столицу Литвы. Суффикс -ер в этой модели указывает на человека по месту жительства или происхождения: Ковнатор — буквально «тот, кто из Ковно». Такая словообразовательная схема типична для немецкого языка (ср. берлинер, лейпцигер), и это сразу подсказывает, что фамилия не исконно русская, а пришла из еврейской среды.

В Российской империи еврейские фамилии с суффиксом -ер (ковнатор, рижер, варшавер) массово закреплялись в первой половине XIX века, когда власти обязали еврейское население взять наследственные фамилии. Выбор падал на название ближайшего крупного города: так человек, родившийся в Ковно или переехавший оттуда, становился Ковнатором. Альтернативная версия — что фамилия могла возникнуть как прозвище торговца, который вёл дела с ковенским купечеством, — менее вероятна, так как топонимические фамилии в этой среде обычно прямо указывали на место, а не на род занятий.

Встречаемость фамилии крайне мала. По данным переписей и телефонных справочников, Ковнаторы проживали в основном на территории бывшей черты оседлости — в Беларуси, на Украине, в западных губерниях России. После революции часть носителей эмигрировала в США и Израиль. В современной России фамилия остаётся штучной, и её география говорит о том, что предки держались недалеко от исходного Ковно.

С точки зрения морфологии, фамилия стоит особняком: у неё нет славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский), характерных для большинства русских фамилий. Это сразу выдаёт её иноязычное происхождение. В быту её могли русифицировать, меняя окончание на Ковнаторов, но исходная форма Ковнатор сохранилась именно как маркер еврейского ашкеназского ономастикона.

Таким образом, Ковнатор — не загадочное прозвище, а точный географический адрес, застывший в фамилии. Предки носителя, скорее всего, жили в Каунасе или его окрестностях в первой половине XIX века, а сама фамилия — один из немногих следов дореволюционной топонимики в современном русском языке.