Фамилия Ковыльникова — женская форма фамилии Ковыльников, а та, в свою очередь, образовалась от прозвища Ковыльник. Сразу скажем: единого мнения о том, что легло в основу этого прозвища, у исследователей нет. Разберём три наиболее вероятные версии, каждая из которых имеет право на существование.

Первая и самая прямая версия связывает прозвище с растением ковыль. Ковыль — типичная степная трава, и Ковыльником могли назвать человека, жившего в местности, где этой травы было особенно много, либо того, кто занимался её сбором (например, для корма скоту или хозяйственных нужд). Эта версия кажется наиболее логичной, если фамилия встречается в южных, степных регионах России или Украины.

Вторая версия — фонетическая. Она отталкивается от диалектного слова «коваль», что на украинском, белорусском и в южнорусских говорах означает «кузнец». В таком случае прозвище Ковыльник могло возникнуть как искажённое «Ковальник» — то есть человек, имеющий отношение к кузнечному делу. Подтвердить или опровергнуть эту гипотезу без точных записей сложно, но она объясняет, почему в фамилии появился «ы», а не «а» в корне.

Третья версия — от глагола «ковылять», то есть хромать, прихрамывать, ходить вперевалку. Здесь прозвище Ковыльник получал человек с заметной хромотой или, в переносном смысле, медлительный, неуклюжий. Эта версия менее популярна у ономастов, чем «растительная», но не лишена оснований: прозвища по физическим особенностям в русской традиции встречаются сплошь и рядом.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ник указывает на лицо по характерному признаку или роду занятий (сравните: сапожник, плотник, охотник). Фамильный суффикс -ов/-ев — типичный для русских фамилий, означающий принадлежность («чей?»). То есть Ковыльников — сын Ковыльника.

Таким образом, предок носителей фамилии Ковыльникова мог быть степным жителем, кузнецом или человеком с хромотой. Выбор между этими версиями зависит от того, в какой местности и в какой среде фамилия закрепилась впервые — к сожалению, точных исторических документов о первом носителе не сохранилось.