Фамилия Кояков — одна из тех, где на первый взгляд понятная форма скрывает неочевидную основу. Привычное окончание -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Кояков, то есть сын Кояка. Но что за имя или прозвище Кояк?

Самая вероятная версия отсылает к тюркским корням, что для южнорусских и поволжских фамилий обычное дело. В тюркских языках слово «кой» или «коя» могло означать «овца», «баран». Прозвище Кояк, таким образом, мог получить человек, связанный с овцеводством, пастух, либо же обладатель кроткого, «овечьего» нрава. Не исключено, что это было и ласкательное домашнее имя, которое потом закрепилось в официальном документе.

Менее вероятна, но возможна связь с гидронимом Коя — так называется небольшая река в Татарстане и Пермском крае. В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище человека, жившего на этой реке, и превратиться в Кояков по той же патронимической схеме. Однако эта версия слабее, так как фамилия встречается не только вблизи этой реки.

Суффикс -ак в основе Кояк характерен для прозвищ, образованных от прилагательных или существительных с оттенком характерного признака (сравните: Глушак, Чужак). Сама фамилия не является ни редчайшей, ни массовой — она встречается в Западной Сибири, на Урале и в центральных областях России, что говорит о смешанном происхождении предков, впитавшем как славянскую, так и тюркскую традицию имянаречения.

Крестьянское сословие, скорее всего, и было основным носителем этой фамилии: прозвище Кояк, данное пастуху или овцеводу, при записи в ревизские сказки легко превращалось в фамилию Кояков. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.