Фамилия Коюнева — вариант женского рода от Коюнев, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. В основе лежит прозвище или имя Коюн, а суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Коюнев, то есть сын Коюна. Такой суффикс характерен для фамилий, образованных от основ на твёрдый согласный или на -й (например, Андреев, Соловьёв), и здесь он закрепился, хотя основа Коюн заканчивается на -н.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках слово «коюн» означает «баран» или «овца». Прозвище Коюн могли дать человеку за мягкий, покладистый характер, за любовь к овцеводству или даже за внешнее сходство — курчавые волосы, спокойный нрав. В русских говорах, особенно в южных и поволжских регионах, где веками жили бок о бок с татарами, башкирами или казахами, такие прозвища переходили в фамилии. Подтверждение этому — фамилия Коюнов встречается у донских казаков и в документах XVII века, что говорит о давнем бытовании.

Менее распространённая версия — связь с русским диалектным словом «коюн» (или «каюн») в значении «ленивый, нерасторопный человек». В некоторых областях так называли медлительного, сонного работника. Но эта гипотеза слабее, так как тюркский корень встречается чаще и лучше объясняет географию фамилии.

Фамилия Коюнева редкая, её носители в основном сосредоточены в южных регионах России — в Волгоградской, Ростовской областях, в Краснодарском крае. Встречается и на Урале, куда переселенцы принесли прозвище в ходе колонизации. Социальный слой предков — скорее всего, крестьяне или казаки, так как фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах. Единственная особенность написания — иногда путают с Коюновой (через -ов), но суффикс -ев здесь исторически верен, если основа оканчивалась на мягкий согласный в говоре.