Фамилия Кожагалиев образована от восточного мужского имени Кожагали. Первая его часть восходит к слову «ходжа». Ходжа с древнеиранского переводится как «господин, наставник», в персидском имеет множество значений: хозяин, учитель и т.д.; в текстах XIII— XIV вв. Имя Гали (Али) в переводе с арабского означает «высокий, возвышенный, человек высокого звания, высокого достоинства». Таким образом, Кожагали можно перевести как «достойный ходжа».