Фамилия Кожагалиев — одна из тех, что прямо указывает на имя основателя рода. Она образована от восточного мужского имени Кожагали, которое составное. Первая часть восходит к слову «ходжа»: с древнеиранского оно переводится как «господин, наставник», а в персидском обросло множеством значений — от «хозяина» до «учителя». В текстах XIII–XIV веков этот титул уже устойчиво использовался для обозначения уважаемых людей, купцов и духовных лиц.

Вторая часть имени — Гали (арабское Али) — означает «высокий, возвышенный, человек высокого звания и достоинства». Вместе Кожагали можно перевести как «достойный ходжа» или «почтенный наставник». Соединение двух почётных компонентов — не редкость для тюркской антропонимии: так подчёркивали статус человека или давали имя-пожелание, чтобы сын вырос уважаемым.

Модель образования фамилии типична для русского суффикса -ев, который добавляется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «и». В данном случае суффикс присоединили к имени Кожагали, и фамилия стала означать «потомок Кожагали». Такая схема (тюркское имя + русский патронимический суффикс) характерна для многих фамилий народов Поволжья, Казахстана и Средней Азии, которые вошли в состав Российской империи и чьи носители фиксировались в документах на русском языке.

Слово «ходжа» в основе имени — не только титул, но и маркер социальной среды. В Средней Азии ходжами называли потомков пророка Мухаммеда (через дочь Фатиму) или просто уважаемых религиозных деятелей. Однако в бытовом именовании это слово могло закрепиться и за человеком, который был наставником, учителем или зажиточным хозяином — без обязательной родословной. Поэтому предок носителя фамилии Кожагалиев мог быть как потомственным духовным лицом, так и просто человеком, получившим прозвище за свой авторитет.

Сама фамилия нечастая, и её география тяготеет к регионам с тюркским и мусульманским населением: Казахстан, Башкортостан, Татарстан, отчасти Оренбуржье. В русских метрических книгах XIX века такие фамилии встречаются редко — их носители чаще фиксировались в мусульманских записях или при советских паспортизациях.