Фамилия Кожагалиева — женская форма фамилии Кожагалиев, которая имеет казахское происхождение. В её основе лежит сложное мужское имя Кожагали, распространённое среди казахов и других тюркских народов. Первая часть имени, «кожа», восходит к титулу «ходжа» (от персидского خواجه — «хозяин», «господин», «наставник»). В исламской культуре так называли потомков пророка Мухаммеда, уважаемых учителей и купцов. Вторая часть — «гали» — арабское имя Али (علي), означающее «возвышенный», «великий». Таким образом, имя Кожагали можно перевести как «господин Али» или «потомок пророка, названный в честь Али». Фамилии на -ев/-ова (и их женские формы) типичны для русифицированного написания казахских и татарских фамилий, особенно в документах XIX–XX веков, когда имперская администрация фиксировала имена по русским патронимическим моделям.

Географически фамилия Кожагалиева чаще всего встречается в Казахстане, особенно в южных и западных областях — например, в Мангистауской, Атырауской и Кызылординской областях, где сильны традиции родовых имён. В России носители фамилии живут в основном в Астраханской и Оренбургской областях, а также среди казахской диаспоры в Москве и Санкт-Петербурге. Словообразовательная модель проста: корень Кожагали- + суффикс -ев (указывающий на принадлежность к роду) + окончание -а (женский род). В казахской среде фамилия могла записываться и как Қожағалиев, но в русскоязычных документах закрепилась форма с буквой «К».

Споров о происхождении почти нет: имя Кожагали хорошо документировано в тюркской ономастике. Редкая особенность этой фамилии — двойной религиозно-социальный маркер: «кожа» указывает на возможную принадлежность к сословию потомков пророка (в казахской традиции — «қожалар»), а «гали» отсылает к четвёртому халифу Али, ключевой фигуре для шиитов и суфиев. Поэтому предки человека с фамилией Кожагалиева с высокой вероятностью были уважаемыми религиозными деятелями, муллами или суфийскими наставниками в казахских аулах. Встречаются также редкие варианты написания: Кожагалиев (мужская форма), Кожагалиева (женская) и, изредка, Кожагали-оглы в старых метриках. Других однокоренных фамилий, вроде Кожагалин или Кожагальский, практически не существует — это говорит о том, что фамилия не дробилась на варианты и сохранила исходную форму.