Фамилия Кожагалиев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Кожагалиев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Кожагалиев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Кожагалиев образована от восточного мужского имени Кожагали. Первая его часть восходит к слову «ходжа». Ходжа с древнеиранского переводится как «господин, наставник», в персидском имеет множество значений: хозяин, учитель и т.д.; в текстах XIII— XIV вв. Имя Гали (Али) в переводе с арабского означает «высокий, возвышенный, человек высокого звания, высокого достоинства». Таким образом, Кожагали можно перевести как «достойный ходжа». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Кожагалиев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Кожагалиев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.