Фамилия Кожаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Кожаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Кожаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Кожаев образована от казахского мужского имени Кожай, которое восходит к персидской именной основе «хожа» («ходже») - «начальник, глава семьи, хозяин, владелец, господин, учитель, мудрец». В казахском языке имя Ходжа, происходящее от этого имени, произносится как Кожа. Компонент -ай представляет собой типичный для тюркских имён уменьшительный суффикс, который также имеет звательное значение (то есть присоединяется к имени при обращении). Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Кожаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Кожаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.