Фамилия Кожаков — один из примеров, где прозвище, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило церковное имя. В её основе лежит не крестильное имя, а слово «кожак». В разных говорах так называли кожевника, мастера по выделке кож, или человека, который торговал кожаными изделиями. Возможен и другой вариант: «кожаком» в некоторых регионах называли кожаную куртку или тулуп, и прозвище могли дать по характерной одежде — тому, кто постоянно носил такую вещь.

Модель образования простая: к основе «кожак» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Фамилии на -ов обычно отвечали на вопрос «чей?» и означали «сын Кожака» или «из семьи Кожака». Такой способ формирования фамилий был самым массовым в центральной России и Поволжье, особенно среди крестьян и мещан. Если бы фамилия образовалась от слова «кожа» напрямую, мы бы имели вариант Кожин, а суффикс -ак превращает её в прозвищную, а не в патронимическую от имени.

Интересно, что фамилия Кожаков встречается не повсеместно, а имеет заметную региональную привязку. По данным современных исследований, её ядро находится в Чувашии и соседних областях — Татарстане, Марий Эл, Нижегородской области. Это не случайно: в этих краях кожевенное ремесло было развито очень широко, в том числе у поволжских народов, и русские фамилии на -ов нередко возникали у обрусевших чувашей, марийцев и татар. Так что Кожаков может быть как русской фамилией, так и русифицированной формой фамилии, возникшей в иноязычной среде.

В дворянских родословных книгах Кожаковы не значатся — это однозначно фамилия непривилегированных сословий: крестьян, ремесленников, однодворцев. Встречается и написание Кожакова, но оно лишь отражает женскую форму и не меняет сути. Сравните с однокоренными Кожевников, Кожин, Кожухов — все они восходят к одному ремесленному кругу, но Кожаков стоит чуть особняком из-за редкого суффикса, который в современном языке почти не даёт новых фамилий.