Фамилия Кожаханова — женская форма мужской фамилии Кожаханов. Её основа восходит к тюркскому составному имени Кожа-хан. Первая часть, «кожа», в тюркских языках (особенно казахском, татарском, башкирском) означает не «кожа» (материал), а «ходжа», «господин», «наставник» или «человек, совершивший хадж». Это слово пришло из арабского «ходжа» и в тюркской среде стало частью многих имён и прозвищ, указывая на уважаемого, духовно авторитетного человека, иногда — на принадлежность к сословию потомков пророка.

Вторая часть — «хан» — титул верховного правителя или военного вождя, но в составе личных имён он часто выступал как пожелание силы, власти или просто как престижный компонент. Соединение «Кожа-хан» — не редкость для казахской и татарской антропонимии: это имя-оберег или имя-пожелание, которое можно перевести как «господин-владыка» или «почтенный хан».

Фамилия образована по русской модели: к основе Кожахан- добавлен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Кожаханов). В женском варианте — окончание -а. Такая форма типична для фамилий, зафиксированных у народов, вошедших в состав Российской империи в XIX–XX веках, когда при переписях и паспортизации тюркские имена адаптировали через русские фамильные суффиксы.

Географически фамилия Кожаханова чаще всего встречается в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди казахов, проживающих в России (Астраханская, Оренбургская области). Встречаются и татарские носители, но реже — в татарской среде больше распространена форма Кожанов или Кожаев.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Кожаев — от той же основы «кожа», но без титула «хан»; Кожаханов — более редкий вариант, указывающий на двусоставное имя. Могло быть и так, что предок носителя фамилии был не просто уважаемым человеком, а происходил из рода, где имя Кожа-хан передавалось как родовое, а затем закрепилось в фамилии при оформлении документов.

Сословной принадлежности у фамилии нет — она могла появиться и у зажиточных скотоводов, и у потомственных мулл, и у простых крестьян. Всё зависело от того, в какой семье дали такое имя.